1933년 대공황 시기의 뉴욕. 연극배우의 꿈을 접고 생계를 걱정하던 앤 대로우(나오미 왓츠 분)는 우연히 과감하지만 무모한 영화감독 칼 덴햄(잭 블랙 분)을 만난다. 칼은 전설로만 전해지는 미지의 해골섬을 배경으로 한 영화를 찍기 위해 급히 촬영팀과 선원을 모으고, 앤을 주연 배우로 캐스팅한 채 항해에 나선다. 험난한 항해 끝에 도착한 해골섬은 원시적인 부족과 정체를 알 수 없는 괴생명체들이 공존하는 위험한 공간이다(1부 줄거리). 촬영 도중 앤은 섬의 지배자처럼 군림하는 거대한 킹콩에게 붙잡히지만, 예상과 달리 킹콩은 그녀를 해치지 않고 특별한 유대감을 형성한다. 한편, 인간들의 욕망과 호기심은 결국 킹콩을 문명 세계로 끌어오고, 뉴욕 한복판에서 ‘쇼’의 대상으로 전락한 킹콩은 자유를 되찾기 위해 처절한 사투를 벌이는데...