총상을 입은 한 남자가 지중해에서 발견된다. 의식을 되찾은 그는 자신의 이름과 과거를 기억하지 못하는 상태로 깨어나지만, 그의 몸에는 스위스 은행 계좌번호가 담긴 칩이 숨겨져 있다. 이 단서를 따라 스위스로 향한 그는 자신이 '제이슨 본'이라는 이름을 가지고 있음을 알게 되지만, 다른 수많은 여권과 현금, 무기가 발견되며 큰 혼란을 느낀다. 본(맷 데이먼 분)은 자신의 정체성을 찾는 과정에서 CIA의 비밀 프로젝트 '트레드스톤'과 얽힌 음모를 마주하고, 그를 제거하려는 암살자들과 끊임없이 맞서게 된다. 여정 도중 만난 마리(프란카 포텐테 분)는 처음에는 본을 돕는 걸 꺼리지만 점차 그의 진심을 이해하고 위험한 상황을 함께하게 된다. 본은 자신의 과거와 능력이 단순한 기억상실의 결과가 아니라 어떤 사명과 정체성에서 기인했는지, 또 왜 자신이 CIA의 표적이 된 것인지 밝혀내려 고군분투한다.